《自然》：网游玩家破解艾滋病毒关键蛋白结构
- MZ - 译言-每日精品译文推荐这下游戏玩家给生化学家帮大忙了. 一款考验玩家能否搭建模拟出最接近天然蛋白结构的网络游戏正在流行. 这款游戏的名字叫做Foldit，是西雅图华盛顿大学的大卫贝克和其领导的小组开发完成的. 在游戏中，玩家需要扭转多肽链来找到热力学最为稳定，能量最低的三维结构. 天然蛋白的构型往往倾向于一种能量最低的稳定状态，贝克小组希望玩家能够借助Foldit找到很好的蛋白构型从而帮助科学家们解决问题.
《自然》：网游玩家破解艾滋病毒关键蛋白结构
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| 发表时间：2011-09-22 00:59 | 作者：菜鸭王 MZ
出处：http://www.yeeyan.org
译者 菜鸭王
玩大了啊！！！这下游戏玩家给生化学家帮大忙了。一款考验玩家能否搭建模拟出最接近天然蛋白结构的网络游戏正在流行。
这款游戏的名字叫做Foldit，是西雅图华盛顿大学的大卫贝克和其领导的小组开发完成的。在游戏中，玩家需要扭转多肽链来找到热力学最为稳定，能量最低的三维结构。天然蛋白的构型往往倾向于一种能量最低的稳定状态，贝克小组希望玩家能够借助Foldit找到很好的蛋白构型从而帮助科学家们解决问题。
2010年，贝克小组在《自然》上发表概念验证文章指出Foldit的玩家发现了更加稳定的蛋白结构，尽管这些蛋白的真实结构已经被测出来了。现在贝克小组又在《自然—结构与分子生物学》（Nature Structrual & Molecular Biology）杂志上报道了Foldit玩家在每年两度的蛋白结构预测大赛(CASP)中的表现。
在比赛中，科学家们需要预测出那些尚未被实验确定不过很快就要被确定的蛋白结构。科学家们每两年碰一次头，对比一下各自的预测结果和天然构型的差异。比赛发起者说，历时17年的比赛已经帮助找到了影响蛋白结构预测的常见障碍，并且还有集思广益的效果。
贝克的研究小组让Foldit玩家参与去年CASP比赛中一些小蛋白的预测。这些玩家组成一个叫做“空虚碾碎机”的队伍。他们预测了绿脓杆菌分泌的一个蛋白结构，结果是比赛中最准确的预测结果之一。在另一个预测已知细菌蛋白更稳定构型的挑战赛里，“空虚碾碎机”击败了其他所有对手，表现最好。在蛋白结构预测大赛小试身手后，游戏Foldit取得了目前为止最大的成功：破解出了猴子逆转录酶(M-PMV)的结构。依据一个叫“mimi”的游戏玩家搭建出的模拟结构再加上X射线晶体衍射的结果，科学家直接破解出了蛋白酶(M-PMV)的天然构型。
贝克在email中写道：“在Foldit玩家取得突破之前，逆转录酶(M-PMV)的结构一直困扰着科学家们。这是我知道的第一次有游戏玩家解决了科学界一个老大难问题。”贝克的研究小组说，知道这个酶的结构可以帮助我们设计新的抗反转录病毒的药物。这可不是一个魔兽世界玩家喝着激浪饮料（译者注：暴雪公司为《魔兽世界》推出的以该游戏为主题的功能饮料）玩一晚上游戏能比的。
上图为游戏Foldit的截图
网游链接：http://fold.it/论文链接：http://www.nature.com/nsmb/journal/vaop/ncurrent/full/nsmb.2119.html
英文标题：《Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players》
中文标题：《蛋白质折叠游戏玩家揭示一种单分子逆转录病毒蛋白酶的晶体结构》
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