一个InnoDB性能超过Oracle的调优Case
- - P.Linux Laboratory年前抽空到兄弟公司支援了一下Oracle迁移MySQL的测试，本想把MySQL调优到接近Oracle的性能即可，但经过 @何_登成 @淘宝丁奇 @淘宝褚霸 @淘伯松 诸位大牛的指导和帮助（排名不分先后，仅按第一次为此CASE而骚扰的时间排序），不断修正方案，最终获得了比Oracle更好的性能，虽然是个特殊场景，但是我觉得意义是很广泛的，值得参考，遂记录于此.
一个InnoDB性能超过Oracle的调优Case
标签：
数据库
AIO
InnoDB
Kernel
Linux
| 发表时间：2012-01-23 00:00 | 作者：P.Linux
出处：http://www.penglixun.com
年前抽空到兄弟公司支援了一下Oracle迁移MySQL的测试，本想把MySQL调优到接近Oracle的性能即可，但经过 @何_登成 @淘宝丁奇 @淘宝褚霸 @淘伯松 诸位大牛的指导和帮助（排名不分先后，仅按第一次为此CASE而骚扰的时间排序），不断修正方案，最终获得了比Oracle更好的性能，虽然是个特殊场景，但是我觉得意义是很广泛的，值得参考，遂记录于此。
所有涉及表结构和具体业务模型的部分全部略去，也请勿咨询，不能透露，敬请谅解。
一、测试模型：
包含12张业务表，每个事务包含12个SQL，每个SQL向一张表做INSERT，做完12个SQL即完成一个事务。
用一个C API编写的程序连接MySQL，不断执行如下操作
开始事务：START TRANSACTION;
每张表插入一行：INSERT INTO xxx VALUES (val1,val2,…); #一共12次
提交事务：COMMIT;
通过一个Shell脚本来启动32个测试程序并发测试
二、测试环境：
1. 机型：
R510
CPU：Intel(R) Xeon(R) CPU E5645 @ 2.40GHz 双路24线程
内存：6 * 8G 48G
存储：FusionIO 320G MLC
R910
CPU：Intel(R) Xeon(R) CPU E7530 @ 1.87GHz 四路48线程
内存：32* 4G 128G
存储：FusionIO 640G MLC
2. Linux配置：
单实例启动数据库：/boot/grub/menu.lst修改kernel启动参数增加numa=off
多实例启动数据库：numactl –cpunodebind=$BIND_NO –localalloc $MYSQLD
RHEL 5.4 with 2.6.18内置内核
RHEL 6.1 with 2.6.32淘宝版内核
fs.aio-max-nr = 1048576 #调整系统允许的最大异步IO队列长度
vm.nr_hugepages = 18000 #大页页数
vm.hugetlb_shm_group = 601 #允许使用大页的用户id，即mysql用户
vm.swappiness = 0 #不倾向使用SWAP
3. FusionIO配置：
启动配置：
/etc/modprobe.d/iomemory-vsl.conf
options iomemory-vsl use_workqueue=0 # 忽略Linux IO调度
options iomemory-vsl disable-msi=0 # 开启MSI中断
options iomemory-vsl use_large_pcie_rx_buffer=1 # 打开PCIE缓冲
options iomemory-vsl preallocate_memory=SN号 # 预分配管理内存
格式化配置：
fio-format -b 4K /dev/fct0 # 格式化设备为4K匹配NAND芯片页大小
mkfs.xfs -f -i attr=2 -l lazy-count=1,sectsize=4096 -b size=4096 -d sectsize=4096 -L data /dev/fioa # 调整XFS与FusionIO 4K页匹配，比较激进，需要更多稳定性测试认为这组参数充分安全
mount配置：
/dev/fioa on /data type xfs (rw,noatime,nodiratime,noikeep,nobarrier,allocsize=100M,attr2,largeio,inode64,swalloc) # FusionIO的逻辑Block是100M，所以设为100M的预扩展
4. MySQL版本和通用配置：
Percona 5.1.60-13.1 原版
Percona 5.1.60-13.1 修改版
* 允许自定义InnoDB AIO队列申请长度 (5.5_change_aio_io_limit.patch)
Percona 5.5.19-24.0 原版
* 允许innodb_flush_neighbor_pages=2来合并真正相邻的脏页合并
* Group Commit
Percona 5.5.18-23.0 修改版
* 允许自定义InnoDB AIO队列申请长度 (5.5_change_aio_io_limit.patch)
* 允许预先扩展数据文件 (5.5_innodb_extent_tablespace.patch，@淘宝丁奇 贡献)
* Group Cimmit
innodb_buffer_pool_size=20G
sync_binlog=1
innodb_flush_log_at_trx_commit=1
测试并发：32
5. 修改补丁
#cat 5.5_change_aio_io_limit.patch
--- Percona-Server-5.5.18-23.0/storage/innobase/handler/ha_innodb.cc 2011-12-20 06:38:58.000000000 +0800 +++ Percona-Server-5.5.18-23.0-debug/storage/innobase/handler/ha_innodb.cc 2012-01-17 10:13:41.000000000 +0800 @@ -146,6 +146,7 @@ static ulong innobase_commit_concurrency = 0; static ulong innobase_read_io_threads; static ulong innobase_write_io_threads; +static ulong innobase_aio_pending_ios_per_thread; // Change AIO io_limit By P.Linux static long innobase_buffer_pool_instances = 1; static ulong innobase_page_size; @@ -2870,6 +2871,7 @@ srv_n_file_io_threads = (ulint) innobase_file_io_threads; srv_n_read_io_threads = (ulint) innobase_read_io_threads; srv_n_write_io_threads = (ulint) innobase_write_io_threads; + srv_n_aio_pending_ios_per_thread = (ulint) innobase_aio_pending_ios_per_thread; srv_read_ahead &= 3; srv_adaptive_flushing_method %= 3; @@ -12282,6 +12284,11 @@ "Number of background write I/O threads in InnoDB.", NULL, NULL, 4, 1, 64, 0); +static MYSQL_SYSVAR_ULONG(aio_pending_ios_per_thread, innobase_aio_pending_ios_per_thread, + PLUGIN_VAR_RQCMDARG | PLUGIN_VAR_READONLY, + "Number of AIO pending IOS per-thread in InnoDB.", + NULL, NULL, 4, 32, 4096, 0); + static MYSQL_SYSVAR_LONG(force_recovery, innobase_force_recovery, PLUGIN_VAR_RQCMDARG | PLUGIN_VAR_READONLY, "Helps to save your data in case the disk image of the database becomes corrupt.", --- Percona-Server-5.5.18-23.0/storage/innobase/srv/srv0srv.c 2011-12-20 06:38:57.000000000 +0800 +++ Percona-Server-5.5.18-23.0-debug/storage/innobase/srv/srv0srv.c 2012-01-17 10:23:35.000000000 +0800 @@ -242,6 +242,7 @@ UNIV_INTERN ulint srv_n_file_io_threads = ULINT_MAX; UNIV_INTERN ulint srv_n_read_io_threads = ULINT_MAX; UNIV_INTERN ulint srv_n_write_io_threads = ULINT_MAX; +UNIV_INTERN ulint srv_n_aio_pending_ios_per_thread = ULINT_MAX; // Change AIO io_limit By P.Linux /* Switch to enable random read ahead. */ UNIV_INTERN my_bool srv_random_read_ahead = FALSE; --- Percona-Server-5.5.18-23.0/storage/innobase/srv/srv0start.c 2011-12-20 06:38:57.000000000 +0800 +++ Percona-Server-5.5.18-23.0-debug/storage/innobase/srv/srv0start.c 2012-01-17 10:25:12.000000000 +0800 @@ -1475,14 +1475,16 @@ ut_a(srv_n_file_io_threads |
#cat 5.5_innodb_extent_tablespace.patch
--- Percona-Server-5.5.18-23.0/sql/sql_yacc.yy 2011-12-20 06:38:58.000000000 +0800
+++ Percona-Server-5.5.18-23.0-debug/sql/sql_yacc.yy 2012-01-17 14:45:47.000000000 +0800
@@ -3878,6 +3878,14 @@
{
Lex->alter_tablespace_info->ts_alter_tablespace_type= ALTER_TABLESPACE_DROP_FILE;
}
+ /* innodb_extent_tablespace By P.Linux */
+ | tablespace_name
+ SET
+ opt_ts_extent_size
+ {
+ Lex->alter_tablespace_info->ts_alter_tablespace_type= ALTER_TABLESPACE_ALTER_FILE;
+ }
+ /* End */
;
logfile_group_info:
--- Percona-Server-5.5.18-23.0/sql/handler.h 2011-12-20 06:38:58.000000000 +0800
+++ Percona-Server-5.5.18-23.0-debug/sql/handler.h 2012-01-17 14:29:17.000000000 +0800
@@ -501,7 +501,8 @@
{
TS_ALTER_TABLESPACE_TYPE_NOT_DEFINED = -1,
ALTER_TABLESPACE_ADD_FILE = 1,
- ALTER_TABLESPACE_DROP_FILE = 2
+ ALTER_TABLESPACE_DROP_FILE = 2,
+ ALTER_TABLESPACE_ALTER_FILE = 3 // innodb_extent_tablespace By P.Linux
};
enum tablespace_access_mode
--- Percona-Server-5.5.18-23.0/storage/innobase/fil/fil0fil.c 2011-12-20 06:38:57.000000000 +0800
+++ Percona-Server-5.5.18-23.0-debug/storage/innobase/fil/fil0fil.c 2012-01-17 14:31:40.000000000 +0800
@@ -368,7 +368,8 @@
Checks if a single-table tablespace for a given table name exists in the
tablespace memory cache.
@return space id, ULINT_UNDEFINED if not found */
-static
+//static
+UNIV_INTERN // innodb_extent_tablespace By P.Linux
ulint
fil_get_space_id_for_table(
/*=======================*/
@@ -4676,7 +4677,8 @@
Checks if a single-table tablespace for a given table name exists in the
tablespace memory cache.
@return space id, ULINT_UNDEFINED if not found */
-static
+//static
+UNIV_INTERN // innodb_extent_tablespace By P.Linux
ulint
fil_get_space_id_for_table(
/*=======================*/
--- Percona-Server-5.5.18-23.0/storage/innobase/handler/ha_innodb.cc 2011-12-20 06:38:58.000000000 +0800
+++ Percona-Server-5.5.18-23.0-debug/storage/innobase/handler/ha_innodb.cc 2012-01-17 14:37:49.000000000 +0800
@@ -433,6 +434,12 @@
/*=======================*/
uint flags);
+/****************************************************************//**
+Alter tablespace supported in an InnoDB table. Allow setting extent space. */
+int innobase_alter_tablespace(handlerton *hton,
+ THD* thd, st_alter_tablespace *alter_info);
+/* innodb_extent_tablespace By P.Linux */
+
static const char innobase_hton_name[]= "InnoDB";
/*************************************************************//**
@@ -2489,6 +2496,7 @@
innobase_hton->flags=HTON_NO_FLAGS;
innobase_hton->release_temporary_latches=innobase_release_temporary_latches;
innobase_hton->alter_table_flags = innobase_alter_table_flags;
+ innobase_hton->alter_tablespace= innobase_alter_tablespace; // innodb_extent_tablespace By P.Linux
ut_a(DATA_MYSQL_TRUE_VARCHAR == (ulint)MYSQL_TYPE_VARCHAR);
@@ -3146,6 +3155,33 @@
| HA_INPLACE_ADD_PK_INDEX_NO_READ_WRITE);
}
+/****************************************************************//**
+Alter tablespace supported in an InnoDB table. Allow setting extent space. */
+int innobase_alter_tablespace(handlerton *hton,
+ THD* thd, st_alter_tablespace *alter_info)
+{
+ if (alter_info->ts_alter_tablespace_type != ALTER_TABLESPACE_ALTER_FILE)
+ {
+ return HA_ADMIN_NOT_IMPLEMENTED;
+ }
+
+ ulint table_space= fil_get_space_id_for_table(alter_info->tablespace_name);
+
+ if (table_space == ULINT_UNDEFINED)
+ {
+ my_error(ER_WRONG_TABLE_NAME, MYF(0), alter_info->tablespace_name);
+ return EE_FILENOTFOUND;
+ }
+
+ ulint extent_size= alter_info->extent_size;
+
+ ulint actual_size=0;
+ fil_extend_space_to_desired_size(&actual_size, table_space, extent_size);
+
+ return 0;
+}
+/* innodb_extent_tablespace By P.Linux */
+
/*****************************************************************//**
Commits a transaction in an InnoDB database. */
static
--- Percona-Server-5.5.18-23.0/storage/innobase/include/fil0fil.h 2011-12-20 06:38:57.000000000 +0800
+++ Percona-Server-5.5.18-23.0-debug/storage/innobase/include/fil0fil.h 2012-01-17 14:39:20.000000000 +0800
@@ -744,6 +744,18 @@
/*============================*/
ulint id); /*!< in: space id */
+/*******************************************************************//**
+Checks if a single-table tablespace for a given table name exists in the
+tablespace memory cache.
+@return space id, ULINT_UNDEFINED if not found */
+UNIV_INTERN
+ulint
+fil_get_space_id_for_table(
+/*=======================*/
+ const char* name); /*!< in: table name in the standard
+ 'databasename/tablename' format */
+/* innodb_extent_tablespace By P.Linux */
+
/*************************************************************************
Return local hash table informations. */ |
三、测试结果：
1. R910 Oracle单实例
测试人：童家旺，支付宝
TPS：稳定值2000,峰值2600 （我没参与测试，也没有报告，无法确定详情）
我的补充：Oracle已经是调优的过的，请相信我们的Oracle DBA不是吃素的。我把听Oracle DBA描述的只言碎语随便写下，Oracle跑到后面TPS也是有所下降，不是能一直100%稳定，最后CPU已经吃尽了，所以基本上再怎么优化提升的幅度会比较小。
2. R910 MySQL单实例 Percona 5.1.59 原版
测试人：帝俊，支付宝
TPS：峰值1500，无法稳定（具体不祥）
测试人描述：
目前的测试数据显示，由于MySQL在checkpoint上处理跟不上，不足以持续支持1.5K/s的事务数，10MB/s的redo量下的交易创建。该负载下，FIO的写出速度为160～190MB/s，写IOPS为2～2.3k，测试FIO的写吞吐量可以到600MB/s，写IOPS有8K+，需要进一步研究如何进一步提升系统的吞吐量。
3. R910 MySQL多实例 Percona 5.1.60-13.1原版
测试人：彭立勋，B2B
TPS：峰值500*4（无法稳定），谷值100，均值450＊4
重要配置：
innodb_page_size=4K # 修改数据页大小与FusionIO匹配
innodb_log_block_size=4K # 修改日志页大小于FusionIO匹配
innodb_log_file_size=1G
innodb_log_files_in_group=3
innodb_buffer_pool_size=20G
innodb_max_dirty_pages_pct=75
innodb_flush_method=ALL_O_DIRECT # 修改文件写入方式全部为O_DIRECT
innodb_read_io_threads=2
innodb_write_io_threads=10
innodb_io_capacity=20000
innodb_extra_rsegments=16
innodb_use_purge_thread=4
innodb_adaptive_flushing_method=3 # 采用Keep_average刷新方式
innodb_flush_neighbor_pages=0 # 不为了凑顺序IO刷相邻未修改的页
测试人描述：
每颗物理CPU绑定一个MySQL实例，四个实例同时接受测试。可以看到在测试过程中，IOPS抖动很大，在4K～17K之间抖动，可以判定，是Checkpoint机制不完善导致刷新间歇性繁忙，在IO闲置的时候不能充分发挥性能。但多实例可以提升整体TPS接近Oracle的均值，说明MySQL内部可能某些常量设置不合理，或者锁定力度太粗导致单实例不能充分发挥单机性能。
4. R910 MySQL多实例 Percona 5.1.60-13.1 修改版
测试人：彭立勋，B2B
TPS：峰值1200*4，谷值0，均值950*4
重要配置：（在测试3的基础上）
innodb_aio_pending_ios_per_thread=1024
测试人描述：
经过对测试3的分析，可以发现，InnoDB已经标记了很多Page到Flush_list，但是并没有被即时的回写，可以在INNODB_BUFFER_POOL_PAGES系统表中发现很页flush_type=2，即在Flush_list中。
经过review代码，发现InnoDB申请的AIO队列的长度只有256，由常量OS_AIO_N_PENDING_IOS_PER_THREAD（os0file.h）定义。将此常量修改为InnoDB的参数后，重新测试，可以使FusionIO的IOPS达到7K～18K，IO利用率得以提升，整体性能已经超越Oracle，但存在严重的低谷，大约每10s一次。
5.R510 MySQL单实例 Percona 5.5.18-23.0 修改版
测试人：彭立勋,B2B
TPS：峰值2800，谷值2300，均值2500
重要配置：（在测试3的基础上）
innodb_aio_pending_ios_per_thread=512
alter tablespace `trade/xxx` set extent_size=5000000; # 预先扩展数据文件
测试人描述：
根据测试4的结果进行分析，需要解决的主要问题就是抖动，抖动可能是两个原因导致的，一个是Checkpoint机制不完善，一个是数据文件扩展。Checkpoint机制不完善这个暂时无法改进，只能先解决数据文件扩展上的问题，采用淘宝丁奇的方法，对MySQL增加预先扩展文件的功能，在测试前先将文件扩展至测试写满需要的大小，使测试过程中无需扩展文件。
实例测试中发现非常有效，抖动范围在2300～2800之间，可以接受。但是Buffer Pool一旦脏页写满，为了控制脏页量InnoDB就会加大刷新量，影响到TPS。实际上在脏页未满的时候，IOPS就没有用完，但是InnoDB计算刷新量并没有考虑操作系统反馈的影响信息，只是根据自己的redo产生量计算。
同时观察CPU还发现，2.6.18内核会将所有软中断发送到Core0上处理，这可能也是瓶颈之一。（当时忘记拷贝状态，这是后来确认内核问题看得，可以看这篇文章，一样的， CPU软中断实践）
03:05:17 PM CPU %user %nice %sys %iowait %irq %soft %steal %idle intr/s
03:05:18 PM all 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 100.00 1014.00
03:05:18 PM 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 100.00 1000.00
6. R510 MySQL单实例 Percona 5.5.19-24.0 原版
测试人：彭立勋，B2B
TPS：峰值3100，谷值2400，均值2700
重要配置：（在测试3的基础上）
替换内核版本为2.6.32淘宝版，使用IO中断负载均衡。
innodb_adaptive_flushing_method = 2
innodb_flush_neighbor_pages = cont
测试人描述：
采用淘宝版内核后，可以发现每个CPU都被用的比较满：(部分)
06:27:26 PM CPU %usr %nice %sys %iowait %irq %soft %steal %guest %idle
06:27:27 PM all 69.80 0.00 18.68 0.51 0.00 0.17 0.00 0.00 10.84
06:27:27 PM 0 74.75 0.00 17.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 8.08
06:27:27 PM 1 73.96 0.00 16.67 1.04 0.00 0.00 0.00 0.00 8.33
06:27:27 PM 2 73.20 0.00 17.53 1.03 0.00 0.00 0.00 0.00 8.25
06:27:27 PM 3 71.72 0.00 19.19 1.01 0.00 0.00 0.00 0.00 8.08
06:27:27 PM 4 71.43 0.00 18.37 1.02 0.00 0.00 0.00 0.00 9.18
06:27:27 PM 5 70.71 0.00 19.19 1.01 0.00 0.00 0.00 0.00 9.09
这是个好现象，说明CPU被充分用起来了，在脏页未满之前，TPS可以比较稳定的维持在3000以上。但还是老问题，脏页一满，速度就下降，到测试结束时下降为2400。
四、测试结论：
MySQL的调优与操作系统结合非常紧密，需要整体联动才能获得好的效果，InnoDB琐粒度较粗的缺陷，在代码实现简单的情况下，实际上对并发的影响不是很明显。
目前MySQL对高速硬件的利用主要缺陷是，不少常量写死，Checkpoint机制不完善，Checkpoint刷新脏页–>InnoDB AIO队列–>操作系统IO队列–>存储设备，中间任何一环存在问题，都可能导致性能下降。
InnoDB AIO队列可以通过补丁开放参数设置，这个瓶颈已经消除。
操作系统IO队列可以通过淘宝的内核补丁将中断分散到每个核上处理来解决。
目前存在最大的问题就是Checkpoint刷新脏页的机制，仅仅依赖redo产生的速度，其实硬件IO还有很多余量，但InnoDB并不知道。
如果能限定一种机型，限定一种操作系统，在MySQL内获取操作系统报告的硬件状态，自适应的决策自己的行为，这样可以充分利用系统资源，例如IO util%并不高的时候，即使脏页还没到阈值，也可以加大刷新量，充分利用IO，这样可能系统根本就达不到脏页阈值，可以一直保持搞TPS，至少可以延缓TPS下降的趋势。
抖动问题则是Oracle和MySQL都存在的问题，扩展数据文件的瞬间必然导致TPS下降，淘宝丁奇的方法可以完美解决，Oracle也是类似的方法通过预先分配表空间文件解决。
五、测试缺陷：
测试CASE不全，没有在R910上测试5.5（虽然已经超了Oracle，但R910上应该还能猛一点），没有测试5.5多实例下可以获得何种性能，没有测试5.1在2.6.32内核下的表现，没有测试不同的页大小对InnoDB的影响。
没有稳定性测试，原版+多实例 属于稳定方案，其他改动是否100%不影响稳定，尚需测试。
在R910上的测试没有监控系统，也就没有图，坑爹了。
六、后续Action
在InnoDB控制刷赃页量的地方加入对系统diskstat的监控，当系统IO util%<80%的时候，增加(IO_CAPACITY-当前系统IO数-redo计算的刷新量)个页的刷新，在系统不忙的时候提前加大刷新量，期望保持TPS稳定。
七、随意补充
为什么读为主的应用不用担心IO用不完？因为读操作是同步IO，一旦请求就被发送到磁盘，所以只要并发够多，总能把IO压爆。但是写为了加速，几乎所有数据库都是先写到内存，再异步写到磁盘，当然你要是搞最大保护模式，应该也是有数据库可以直接同步写磁盘的，但是对大部分数据库都是先写内存，再异步到磁盘，所以如果异步IO这里存在设计上的瓶颈，不管加多少并发，都是徒劳，内存一旦写满，链接线程就都堵住了，要等异步IO消化完才能继续，所以对于写为主的应用，这个CASE都是很有参考价值的。
类似的文章
- 2011年12月23日 -- 在Server层实现Kill Idle Transaction (1)
- 2010年12月6日 -- Percona对MySQL标准版本的改进 (3)
- 2010年01月14日 -- XtraDB 1.0.6-9编译错误的解决 (0)
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[译]InnoDB官方博客：InnoDB Plugin的性能和可伸缩性
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- - 数据库 - ITeye博客抄自：http://www.cnblogs.com/qq78292959/archive/2013/01/30/2882745.html. Mysql常用存储引擎的锁机制. MyISAM和MEMORY采用表级锁（table-level locking）. BDB采用页面锁（page-leve locking）或表级锁，默认为页面锁.
mysql存储引擎：InnoDB和MyISAM的差别/优劣评价/评测/性能测试
- - CSDN博客数据库推荐文章InnoDB和MyISAM简介. MyISAM:这个是默认类型,它是基于传统的ISAM类型,ISAM是Indexed Sequential Access Method (有索引的 顺序访问方法) 的缩写,它是存储记录和文件的标准方法.与其他存储引擎比较,MyISAM具有检查和修复表格的大多数工具. MyISAM表格可以被压缩,而且它们支持全文搜索.它们不是事务安全的,而且也不支持外键.